抗日战争爆发后，天津、青岛、汉口、上海等卷烟生产地相继沦陷。为减小战争对财政收入的影响，国民政府财政部根据沦陷区与国民党统治区的不同情况，对卷烟统税的征收方法进行了调整。

　　机制卷烟统税

　　1937年上海沦陷后，位于租界内的南洋兄弟烟草公司和英美烟公司受到租界当局的庇护继续生产卷烟，其应纳的卷烟统税继续由驻厂员征收。同年12月，税务署驻沪办事处被敌伪占据，征税工作被迫停止。1938年1月，国民政府财政部针对战时变化，下令各省税务局对沦陷区的统税实行异地征收。后来，南洋兄弟烟草公司和英美烟公司被迫停工，国民政府财政部经过磋商，决定将两家公司在国内畅销的名牌卷烟委托其在香港的工厂代为制造，税务署派员到香港驻厂征收。征税直到1941年12月太平洋战争爆发，香港被日军侵占后停止。

　　当时，上海为卷烟生产的集中地，供应全国各省。上海沦陷后，后方各地卷烟供应渐告紧张，因而一些小商贩乘机将已拆箱的卷烟运往各地销售。为防止此类未完税卷烟破坏卷烟市场秩序，国民政府财政部又制定《非常时期零星烟纳税运销暂行办法》，于1938年1月12日公布施行。

　　手工卷烟统税

　　手工卷烟在抗日战争前盛行于安徽、河南、山东等出产薰烟叶的省份，由各省税务局制定单行办法，从低征税。后来，由于机制卷烟占据市场，手工卷烟价廉质次，仅在小城镇销售。抗日战争爆发后，出产卷烟的城市相继沦陷，机制卷烟内运困难。当时，国民政府为发展后方生产，曾动员沿江、沿海一带的工厂内迁。同时，税务署为培养税源，也动员并协助统税商品生产厂家内迁，在后方各省增设新厂。但是因为战时交通不便，原料采购及电力供应困难等原因，内迁及新增的工厂有限，不能满足后方的需要，导致供求矛盾加深。在市场需求的刺激下，手工卷烟乘势兴起。针对这种情况，税务署于1939年5月将河南、陕西两省的手工卷烟厂开放，准许卷烟户按照机制卷烟的最低税率（即每5万支纳税100元）领贴印花后在市场上销售。1940年2月29日，国民政府财政部公布《管理手工卷烟厂暂行办法》，次年实行从价征税。随着手工卷烟的发展，战时其产销量已超过后方生产的机制卷烟，在卷烟统税收入上占有重要的地位。

　　土制雪茄烟统税

　　抗日战争前，国产雪茄烟一直是用进口的吕宋烟叶掺配国产烟叶制成，行销各大中城市。唯有四川省使用川西出产的绺子烟叶卷成笔杆式小烟支，人称土制雪茄烟。最初多为自卷自吸，因此未列入统税范围。抗日战争爆发后，国产雪茄烟内运困难，四川的土制雪茄烟乘机进入市场销售。于是，1938年10月，国民政府财政部公布《土制雪茄烟征税暂行办法》，对土制雪茄烟实行分级征税。1941年9月，改为从价征税。

　　除当时的中央政府征收卷烟统税外，各地方政府为解决因战争造成的收支不平衡问题，开办了战时卷烟管理费、通过税、烟酒消费特捐等地方卷烟税。如湖南、江西、福建、浙江、广东等省将卷烟与桐油并征，名为卷烟桐油管理费；1941年，国民政府财政部福建区税务局制定《福建省战时烟酒消费特税征收章程》，征收战时烟酒消费特捐，其中土烟叶每50公斤6元，客烟叶每50公斤7.5元，由国民政府财政部管辖的各税务局、所征收。