1942年，国民党政府财政部制定《各省税务管理局组织暂行条例》暨《县市税务征收局暂行条例》。条例规定：国民党政府的货物税征收机构为财政部、各省税务管理局、县市税务征收局；自治系统征收机构为县市税务征收局，按税收多寡、事务繁简分为特等及一、二、三等，由国民党政府财政部核定。1942年冬，先在贵州、湖北两省试办，1943年3月推广。机构调整后，全国设17个省区管理局；管理局以下在一县或数县设税务征收局；征收局下设查征所及货物税驻厂、驻场、驻矿办事处。1943年12月，17个省区合并改组成立税务管理局，计有税务征收局329个，查征所636个。1944年3月，直接税署与税务署联合制定《直接货物税所属各市县税务机构联合办公办法》，规定未改组的各市县税务机关，先行联合办公。

　　1945年6月，国民党政府财政部决定将直接税、货物税两税机构重新调整，分别设置。其中货物税征收机构为财政部主管货物税的税务署，原下属的17个省区税务管理局划分改组，分设8个区货物税局，下设分局103个。原东川税务管理局重庆税务分局及川西税务管理局内江税务分局，因税源丰沛，税收盈余，划改为财政部直辖税务局。

　　1945年9月，按照货物税收复计划，机构重新调整，在收复区增设安徽、江苏、山东、冀察热4个货物税局，区局以下设48个分局；汉口、天津、青岛、上海、广州商业繁盛，设置5个直辖货物税局。与此同时，将战区及后方因适应战时情况所属的8个区货物税局，按行政区域及税源分布情况调整为：贵州、广西、湖南、广东、江西、陕西、晋绥、湖北、河南、甘青宁新、福建、浙江、川康、云南14个区货物税局，下设150个分局及重庆直辖局。东北9省的税务机构暂依照旧例，直接税、货物税两税兼办，设置辽安、吉北、松合、嫩黑兴4个税务管理局，下设40个分局及大连市直辖税务管理局。

　　1948年，经国民党政府行政院政务会议议决，将直接税署、税务署合组为国税署；各区直接税局、货物税局合组为区国税管理局，其所属分局合组为国税稽征局。各直辖直接税局、货物税局依旧分立。7月成立国税署，8月后相继成立各区国税管理局与县市国税稽征局，上海、汉口、天津、重庆、青岛、广州仍分设直辖直接税局和直辖货物税局。1949年8月18日，败退广州后，国民党政府财政部决定撤消区局以下的国税机构，在控制区内的重要据点设置国税局，还在一些省区设置本部国税督导委员办公处组织办公。改组后设置的机构有：广东区、湘桂区、闽赣区、云贵区、川康区、川鄂区、陕甘区7个国税督导委员办公处，管辖26个县市国税局、59个稽征所。