会计制度规定，企业在资产负债表日，如不能可靠地估计所提供劳务的交易结果，亦即不能满足收入确认三个条件中的任何一条，企业不能按完工百分比法确认收入。这时企业应正确预计已经收回或将要收回的款项能弥补多少已经发生的成本，分别按三种情况进行处理。
现行税收制度对会计制度的这个做法并不认可，而且对这类劳务结果不能可靠计量的情况没有做出明确的规定，只是在其他税前扣除文件当中规定了一些处理方法。国税发[2000]84号文件，也仅就成本计量问题只提出了配比原则、合理性原则，也没有做出具体的规定。关于处理方法的区别，在前面的收入差异比较中对确认原则、计量条件、配比原则等三个方面的差别已经做了说明，这里仅就具体处理方法进行比较。
第一种情况：会计制度规定，已经发生的劳务成本预计能够得到补偿的，应按已经发生的劳务成本金额确认收入；同时，按相同的金额结转成本，不确认利润。税收制度规定，关于收入的确认问题与会计制度存在一些差异，对于成本处理，由于企业能够提供成本发生的有关证据，在税前扣除上与会计制度基本上一致。
第二种情况：会计制度规定，已经发生的劳务成本预计只能部分地得到补偿的，应按能够得到补偿的劳务成本金额确认收入，并按已经发生的劳务成本结转成本。确认的收入金额小于已经发生的劳务成本的金额，确认为当期损失。关于收入金额小于劳务成本的金额确认当期损失的问题，应当按照财产损失的税收规定处理。
国家税务总局2005年13令第六条规定，“企业在经营管理活动中因销售、转让、变卖资产发生的财产损失，各项存货发生的正常损耗以及固定资产达到或超过使用年限而正常报废清理发生的财产损失，应在有关财产损失实际发生当期申报扣除。”第七条规定，“企业因下列原因发生的财产损失，须经税务机关审批才能在申报企业所得税时扣除：
（1）因自然灾害、战争等政治事件等不可抗力或者人为管理责任，导致现金、银行存款、存货、短期投资、固定资产的损失；
（2）应收、预付账款发生的坏账损失；
（3）金融企业的呆账损失；
（4）存货、固定资产、无形资产、长期投资因发生永久或实质性损害而确认的财产损失；
（5）因被投资方解散、清算等发生的投资损失；
（6）按规定可以税前扣除的各项资产评估损失；
（7）因政府规划搬迁、征用等发生的财产损失；
（8）国家规定允许从事信贷业务之外的企业间的直接借款损失。”
根据13号令的规定正常损失申报扣除，非正常损失审批后扣除。那么对于会计制度所确认的期间损失，在所得税申报时，首先要划分是正常损失还是非正常损失，然后再按照申报要求进行抵扣。在这个问题上的差别是会计制度把扣除的权力交给了企业，由会计人员根据情况进行账务处理。税收制度对非正常损失提出了严格的扣除要求，未经批准不得扣除，而且不得跨期间扣除。
第三种情况：会计制度规定，已经发生的劳务成本预计全部不能得到补偿的，不应确认收入，但应将已经发生的劳务成本确认为当期费用。税收制度对这类情况同样区别正常损失和非正常损失，而不能简单确认为当期费用进行扣除。