长期股权投资属于权益性投资，是指投资者为获得另一个企业的权益或净资产所作的投资，这种投资的目的是为了获得另一个企业的控制权，或实施对另一个企业的重大影响，或为其他目的而进行的。在长期股权投资及长期股权投资收益方面，会计准则和会计制度与税法之间在有关投资成本、持有收益、股权转让收益等一系列方面均产生了较为复杂的差异。
（一）长期股权投资成本
长期股权投资成本包括取得投资时实际支付的全部价款，包括税金、手续费等相关费用。在货币出资的方式下，会计核算中的投资成本与税法规定的计税成本是一致的。当然也有一种例外情况，当投资款项是从外部借入时，税法要求相关的借款利息应计入投资成本，而不得在税前扣除；会计核算恰恰相反，将其计入了会计损益。本章不考虑这种特例。
但是，当长期股权投资系以放弃非货币性资产而取得时，其初始投资成本应按《企业会计准则——非货币性交易》的规定确定，具体方法是以放弃的非货币性资产账面价值，加上应支付的相关税费，作为听取得的长期股权投资的入账价值。如果在此过程中还支付或收到补价，则应对投资成本作进一步调整。这一规定是会计准则修订后的重大变化，它将非货币交易会计计价由公允价值调回到账面净值，正是这一变化使得长期股权投资成本从一开始就与税法规定存在不一致，因为根据“118号文”规定：企业以经营活动的部分非货币性资产对外投资，包括股份公司的法人股东以其经营活动的部分非货币性资产向股份公司配购股票，应在投资交易发生时，将其分解为按公允价值销售有关非货币性资产和投资两项经济业务进行所得税处理，并按规定计算确认资产转让所得或损失。由于税法要求对非货币性投资行为视为销售，为了避免对企业利润重复征税，或对企业亏损作重复利用，既然一方面已确认了非货币性资产的转让所得或损失，另一方面也就应按其公允价值作为投资的计税成本。企业若以非货币性资产对外投资，从一开始就应注意长期股权投资的会计成本与计税成本的差别，否则，必将混淆日后的投资持有收益与投资转让收益。
（二）长期股权投资的持有收益
1．基本差异
在会计核算中，对长期股权投资的持有收益分别不同情况采用成本法和权益法核算，当投资企业拥有被投资企业对20％或以上表决权资本时，或虽未达到20％，但对被投资企业具有控制、共同控制或重大影响时，长期股权投资应采用权益法核算；反之，则采用成本法核算。在这两种方法中，成本法将投资企业与被投资企业视为两个独立的法人和两个独立的会计主体，投资企业只有收到对方分配的股利时，或者从法律形式上实现了对被投资单位已分配股利的要求权时，方可确认为投资收益，这种方法近似于收付实现制，且符合谨慎性原则。权益法与之相反，虽然投资企业与被投资企业从法律形式上看是两个法人主体，但该方法却将双方视为一个经济主体，其理论依据是投资企业已能在实质上控制被投资企业，或能左右、影响被投资企业的经营决策、财务政策、利润分配政策等。因而，这种方法要求投资企业按权责发生制原则，在被投资企业实现利润时而不是实际做利润分配时，按占股比例确认在对方利润中所占有的份额，并记录为投资收益；如果对方发生亏损，也按占股比例确认相应的投资损失。
税法关于确认股权投资持有收益的计税政策分别内外资企业而有所不同，由于对外商投资企业从境内取得的投资收益不计入应纳税所得额，因此在下文中均不再具体比较其差异问题，也就是说，下文的差异问题主要是针对内资企业而言的。
（1）税法在确认长期股权投资持有收益问题上，采取了近乎会计核算中成本法一类的做法，对于因会计核算采用权益法而对“长期股权投资”和“投资收益”账户发生额及余额所产生的影响均予纳税调整。在“118号文”中规定：不论企业会计账务中对投资采取何种方法核算，被投资企业会计账务上实际做利润分配处理（包括以盈余公积和未分配利润转增资本）时，投资方企业应确认投资所得的实现。另外还规定，被投资单位发生的亏损，由被投资单位按规定结转弥补，在股权持有期内，投资企业不得调整减低其投资成本，也不得确认投资损失。不过，税法虽然采用了近乎会计核算中的成本法来核算投资收益，但二者间仍有不同之处，表现在会计准则中则规定在成本法下确认的投资收益，仅限于所获得的被投资单位在接受投资后产生的累积净利润的分配额，所获得的被投资单位宣告分派的利润或现金股利超过上述数额的部分，作为初始投资成本的收回，冲减投资的账面价值。而税法中没有这样的规定，在确定投资收益额及投资成本时也坚持自身的原则，作出与企业核算不同的处理。“税收上这样规定的道理很简单，不论累计未分配利润和盈余公积是投资前产生的，还是投资后产生的，都是税后利润，都应归入持有收益，不应转化为处置收益。”①(① 董树奎：《税前扣除与投资改组业务所得税问题解析》，77页，北京，世界图书出版公司，2001。)即税法坚持投资成本不变，如果将投资前被投资企业产生的留存收益分配作冲减投资成本处理，则会等额增加以后的投资转让所得，导致双重计税。
（2）当会计核算对长期股权投资采用权益法核算时，则与现行税法间存在一系列较为复杂的差异，表现在：
第一，与成本法相似，会计准则中规定：即使在权益法下，在按被投资企业净损益计算调整投资的账面价值和确认投资损益时，应以取得被投资企业股权后被投资单位实现的净损益为基础，税法对于从对方分得的股利仍不考虑这一时间界限。
第二，与“损益调整”有关的差异。如果被投资企业实现利润，投资企业按占股比例借记“长期股权投资——某企业（损益调整）”，贷记“投资收益”。对此，纳税时既不确认会计核算出的投资收益，也不认可“长期股权投资”发生额及余额的变化。当被投资企业实际分配利润时，会计核算中借记“银行存款”或“应收股利”，贷记“长期股权投资——某企业（损益调整）”，会计上不再确认投资收益。税法正好相反，它将对方实际所分配的利润确认为投资持有收益，并要求按对方实际缴纳企业所得税的税率将投资收益还原为税前所得，计入当期应纳税所得额。如果投资企业的所得税税率高于被投资企业，则会涉及到补交企业所得税问题。
在“财税字[1995]81号”文第四条中规定：“投资方从联营企业分回利润，若投资方企业发生亏损的，应先用于弥补亏损，弥补亏损后有盈余的，应依照对联营企业补税的有关规定，按投资方企业法定税率与联营企业适用税率的差额计算补税。”在第七条中规定：“凡设在经济特区等各类经济区域的外商投资企业（不含高新技术产业开发区），适用15％或24％税率征税的，其中方投资者的分回利润，按联营企业分回利润规定补税。”
在“国税发[2000]118号”文中又规定：“凡投资方企业适用的所得税税率高于被投资企业适用的所得税税率的，除国家税收法规规定的定期减税、免税优惠以外，其取得的投资所得应按规定还原为税前收益后，并入投资企业的应纳税所得额，依法补缴企业所得税。”
根据上述规定，投资方企业应按下列步骤对计税投资收益进行纳税处理：

投资方分回的利润额
投资所得还原为税前收益 ＝ 1－被投资实际缴纳企业所得税的税率
还原的税前收益应填入企业所得税纳税申报表的第7行，从而并入企业当期应纳税所得额之中，并按投资方企业的适用税率计算应纳所得税额。需要注意的是，投资方不可直接接会计核算中收到的投资所得金额填列申报，而应先还原，再填列申报。
境内投资收益的抵免税额＝投资所得还原为税前收益×被投资企业所得税适用税率

该抵免税额填入申报表的第77行。
在运用上述公式时应注意，在第1个公式中，必须使用被投资企业实际缴纳企业所得税的税率。例如，甲企业从其投资的设在沿海经济开放区的生产性外商投资企业乙公司（企业所得税适用税率为24％）分回股利88万元，该股利的所属会计年度为乙公司享受“两免三减半”的减半征收期间，因此在将股利还原为税前收益时应使用12％的实际税率，结果为：88/（1－12％）＝100（万元）。在第2个公式中应使用被投资企业的适用税率，本例中即为24％，按照税法规定，在法定减免期限内减免的税额，本着税收的饶让原则，视同被投资企业的已纳税额准予抵扣，本例中投资收益的抵免税额为：100×24％＝24（万元）。如果甲企业所得税税率为33％，且有其他生产经营所得，则该投资收益应补缴税额为：100×33％－100×24％＝9（万元）。
由此可见，当投资方企业与被投资企业适用税率相等时，投资方分回的投资所得无须补缴企业所得税；当投资方企业适用税率高于被投资企业适用税率时，应按上述规定补税。不过，当投资方企业适用税率低于被投资企业适用税率时，按上述公式计算的结果为负，税法规定，对这一负数不予退税。
在权益法下，如果被投资企业发生亏损，投资企业按占股比例借记“投资收益”，贷记“长期股权投资——某企业（损益调整）”，对此，税法不允许投资企业通过冲减投资收益而确认投资损失，当然，长期股权投资的计税成本也不得调整。
第三，与“股权投资差额”有关的差异。《企业会计制度》规定：采用权益法核算时，如果长期股权投资初始投资成本与其在被投资单位所有者权益中所占的份额有差额的，应当调整初始投资成本。取得投资时，企业应按初始投资成本高于应享有取得日被投资单位所有者权益份额的差额，借记“长期股权投资——股票投资或其他股权投资（股权投资差额）”，贷记“长期股权投资——股票投资或其他股权投资（投资成本）”；初始投资成本低于应享有取得日被投资单位所有者权益份额的差额，作相反会计分录。由于该笔分录对“长期股权投资”科目同借同贷，只影响二级账户余额的变化，对一级账户余额并不发生影响，故对计税投资成本也无影响。
但会计制度中规定上述股权投资差额随后必须在一定期限内予以摊销。摊销期限为：合同规定了投资期限的，按投资期限摊销；合同没有规定投资期限的，基于谨慎性原则的考虑，初始投资成本超过应享有被投资单位所有者权益份额之间的差额，按不超过10年（含10年）的期限摊销；摊销时，借记“投资收益”科目，贷记“长期股权投资——股票投资或其他股权投资（股权投资差额）”；投资成本低于应享有被投资单位所有者权益份额之间的差额，按不低于10年（含10年）的期限摊销，摊销分录与前者相反。这一账务处理一方面影响“长期股权投资”账户余额，另一方面也影响“投资收益”账户本期发生额。对此，在纳税上并不确认会计核算上的投资收益的变化，长期股权投资的计税成本也不发生变化。
第四，与“股权投资准备”有关的差异。会计准则中规定：被投资单位除净损益以外的所有者权益的其他变动，也应根据具体情况调整投资的账面价值。
《企业会计制度》中规定：被投资单位因增资扩股而增加所有者权益，或被投资单位因接受捐赠等增加资本公积的，企业应按持股比例计算应享有的份额，借记“长期股权投资——股票投资或其他股权投资（股权投资准备）”，贷记“资本公积——股权投资准备”科目。上述会计处理虽未影响投资持有收益，但使“长期股权投资”账户余额发生了变化，影响日后的股权转让收益。对这一变化，税法上同样不予确认。
第五，与股票股利有关的差异。《企业会计制度》中规定：企业收到被投资单位分来的股票股利，即以未分配利润或盈余公积转增资本的部分，不进行账务处理，但应在备查簿中登记。税法则要求按面值确认为投资收益。从会计的角度看，股票股利不影响被投资单位所有者权益总额，只使其内部结构发生变化，对投资企业而言，不发生权益性影响，故不进行账务处理。但从计税的角度看，以未分配利润或盈余公积所作的股利分配是要对投资企业确定是否补税的，在需要补税的情况下，如果股票股利不作为计税投资收益计入应纳税所得额，则投资企业会要求被投资企业大量采用股票股利形式先增加资本，然后再通过减资的手段变相取得现金，以名义上的股票股利掩盖实质上的现金股利，从而达到避税目的。
第六，“长期投资减值准备”有关的差异，该项差异在“成本法”下同样存在。会计核算中计提的“长期投资减值准备”应冲减“投资收益”，而税法则规定，会计核算中计提的“长期投资减值准备”不得冲减应计入当期应纳税所得额的投资收益，也不得在当期税前扣除。这里有一种例外情况是，在“国税发[2003]45号”文中规定：“当投资存在以下一项或若干情况时，应当视为永久或实质性损害：
①被投资单位已依法宣告破产；
②被投资单位依法撤销；
③被投资单位连续停止经营3年以上，并且没有恢复经营的改组计划；
④其他足以证明某项投资实质上已经不能再给企业带来经济利益的情形。”
同时文中还规定，资产的永久或实质性损害，扣除变价收入、可收回金额以及责任和保险赔偿后，应确认为财产损失，并及时申报扣除。对照税法的这一最新规定，如果企业的投资项目发生了上述一种或几种情形，且投资尚未最终清算处置完毕，企业按永久或实质性损害的金额计提的“长期投资减值准备”就可以冲减应计入当期应纳税所得额的投资收益，但冲减的金额以当年实现的股权投资收益和投资转让所得为限，在未超过限额的情况下不需作纳税调整；超过部分不得在当期税前扣除，而应按规定无限期地向以后年度结转扣除，仍需作纳税调整。
此外，无论会计核算是采用成本法还是权益法，如果因计提投资跌价准备或减值准备而对“投资收益”账户所产生的影响，税法均不予确认。
2．特殊差异
（1）会计准则规定：短期投资转化为长期投资时，应按成本与市价孰低法结转。市价低于成本的差额要被确认为定期损失。在作企业所得税纳税申报时，一方面不得填报该项损失，另一方面应保持初始投资成本不变。
（2）由“成本法”转为“权益法”。如果投资企业因追加投资等原因将长期股权投资的核算从成本法改为权益法，应采用追溯调整法，重新计算追加投资后的账面价值，并连同追加投资一道，自实际取得对被投资单位控制、共同控制或对被投资单位实施重大影响时，以股权投资的账面价值作为初始成本，以初始投资成本与享有被投资单位所有者权益份额之间的差额作为股权投资差额。上述会计处理必将对长期股权投资的“投资成本”、“股权投资差额”、“损益调整”等二级账户余额以及未分配利润产生影响，股权投资差额在摊销时同样要影响以后各期投资收益，对此在计算企业所得税时均不予确认，税法确认的新投资成本为各期投资发生时按规定的计价标准计量的投资成本之和，并保持其不变。
（3）由“权益法”转为“成本法”。投资企业因减少投资等原因对被投资单位不再具有控制、共同控制和重大影响时，应终止采用权益法，在终止时，对此前被投资单位实现的净利润或亏损仍按占股比例记入“长期股权投资——（某企业）损益调整”和“投资收益”科目，然后按投资的账面价值作为新的投资成本。其后，被投资单位宣告分派利润或现金股利时，属于已记入投资账面价值的部分，作为新的投资成本的收回，冲减新的投资成本。税法确认的新投资成本为最初投资成本减去投资企业减少的投资额，并保持不变，其后被投资单位宣告分派的利润或现金股利视为投资持有收益。