会计准则中规定：短期投资的现金股利或利息，应于实际收到时，冲减投资的账面价值。而118号文中规定：除另有规定外，不论企业会计账务中对投资采取何种方法核算，被投资企业会计账务上实际做利润分配（包括以盈余公积和未分配利润转增资本）时，被投资企业应确认投资所得的实现。由此可见，二者之间就持有投资收益的处理上存在着两点差异：
首先，会计准则本着谨慎性原则，要求将收到的短期投资现金股利或利息冲减短期投资账面价值，即借记“银行存款”等科目，贷记“短期投资”科目。而税法则仍将其作为一项持有收益来对待。
其次，税法中规定的确认短期投资收益的时点为对方会计账务上实际做利润分配时，从实务操作的角度上看，通常为对方宣告分派股利或利息时。会计准则中则以收付实现制来规定其入账时间。
另外，由于会计核算中计提的短期投资减值准备减少了短期投资的账面价值，而短期投资减值准备不得在税前扣除，因此，如果企业转让其短期投资，会计核算出的转让收益为转让收入减去其账面价值后的余额，其中的“账面价值”为短期投资成本减除实际收到的现金股利或利息及短期投资减值准备后的余额。而税法要求对短期投资成本不得调整，因此，计税的短期投资转让收益为转让收入减去投资成本后的余额，该金额一般要低于会计核算出的转让收益，纳税人必须进行相应的纳税调整。否则，由于转让收益要全部计入当期应纳税所得额计税，而持有收益只需对投资方与被投资方存在的税率差补税，不存在税率差的情况下无须补税（注：外商投资企业获得的境内投资待有收益一律不计入应纳税所得额补税），如果纳税人对投资的计税持有收益与转让收益不作正确划分及调整，则会蒙受相应的损失。试举一例如下：
【例4一1】甲公司2001年3月1日以每股6元的价格购入乙公司股票10万股，同时支付相关税费5 000无。3月15日，乙公司宣告每股分派股利0．3元。4月5日，甲公司收到上述股利3万元。后由于该股票价格持续下跌，一直未能售出，甲公司于当年12月31日计提短期投资跌价准备5万元。次年2月10日，甲公司将股票以每股6．2元的价格售出，并支付相关税费5 200元。会计处理及纳税调整如下：
1．购入股票时，会计分录为：
借：短期投资 605 000
贷：银行存款 605 000
2．3月15日，乙公司宣告分派股利时，甲公司确认实现应税的投资持有收益3万元，甲公司根据其所得税税率是否高于乙公司而确定是否补税，此时不作有关股利的其他会计处理。
4月5日，甲公司收到股利3万元时，会计分录为：
借：银行存款对 30 000
贷：短期投资 30 000
此时，“短期投资”账户的借方余额为575 000元，但计税的短期投资成本仍为605 000元。
3．12月对日，计提短期投资减值准备的会计分录为：
借：投资收益 50 000
贷：短期投资减值准备 50 000
此时，短期投资的账面价值为525 000元，而计税的短期投资成本仍为605 000元。另一方面，会计分录中冲减了当期会计利润，在计税时不得冲减当期应纳税所得额。
4．次年2月10日，出售股票的会计分录为：
借：银行存款 614 800
短期投资减值准备 50 000
贷：短期投资 575 000
投资收益 89 800
按税法规定计算的投资收益为：（620 000－5 200）－605 000＝9 800（元）。在纳税申报时应调减应纳税所得额 80 000元。