土地管理部门在批准企业、单位、个人占用耕地之后，应当及时通告占地企业、单位、个人在规定的期限之内到指定的地点缴纳耕地占用税，或者办理免税、减税手续。纳税人应当在土地管理部门批准其占地之日起30天之内缴纳耕地占用税。土地管理部门根据耕地占用税完税凭证发放用地批准文件，办理土地权属变更登记，划拨用地。

　　耕地占用税实行同级批地同级征收办法，即由哪一级土地管理部门批地，就由同级征收机关征收耕地占用税。此外，还有预缴税款、土地管理部门与征收机关联合办公征收、银行扣缴等征收办法。